משקי הנגב בע"מ נוסד כאירגון קניות בתל אביב ב- 1951, כאשר התפצל ממשקי הדרום.

משקי האירגון הראשונים רוחמה, שובל, ניר-עם ודורות, המצפים גבולות ורביבים ומאוחר יותר 11 הנקודות אשר עלו להתיישבות בנגב במוצאי יום כיפור 1947, תוך קבלת שרותים ממשקי הדרום.

עם גידול מספר הישובים בנגב, בשנות ה- 50 הופרדה פעילות משקי הנגב באגודה שיתופית מרכזית עצמאית.

המניע לייסוד האירגון היה הרצון לנצל את יתרון הגודל, הן בתחום שיווק התוצרת החקלאית והן בריכוז הקניות עבור המשקים, וייצוגם בנושאים הייחודיים המאפיינים את הנגב : מים, קרקע וביטחון.

האירגון פועל להוזיל את עלויות התשומות ולממן הון חוזר הנדרש להפעלתו של המשק החקלאי,כנגד קבלת המחאות זכות על תמורות השיווק, שגבייתן מתבצעת ע"י האירגון.

האירגון הינו הגדול מבין ארגוני הקניה האזוריים הקיבוציים. חברים בו 50 קיבוצים הפרושים ברחבי הנגב, בקעת סדום והערבה, ובהם אוכלוסיה של כ-20 אלף נפש וכן חברים בו שלושה מפעלים אזורייים : ישובי חבל מעון,אבשלו"ם וערדו"ם.

כן משמש האירגון מרכז עסקי לקשרי סחר עבור 6 מועצות אזוריות, קואופרטיב להובלה (הנגב והערבה), בתי ספר אזוריים, מכללת הנגב ותאגידים כלכליים נוספים.

האירגון משמש כחברת אחזקות ובאחזקתו ,עם החברות הבנות:

כ-15% ממניות חברת " מגדלי זרעים " / " הזרע"

כ-8%  ממניות חברת הדלק " אלון "

כ-4%  מהון אמבר.

החלטות האירגון מתקבלות באסיפה כללית בה נוטלים חלק 53 חברי האגודה.

לאירגון הנהלה נבחרת הכוללת נציגי ציבור ופועלת כמועצת מנהלים.

העקרונות המנחים את משקי הנגב בפעילותה:  היתרונות הכלכליים והארגוניים לחבריה ע"י פעילות משותפת, בקניה משותפת של תשומות ובהשתתפות בתאגידים שונים.

כל זאת על מנת ליצור ולנצל יתרונות לגודל ולקבל תפוקות ברמה גבוהה של איכות ויעילות לטובת החברים.

משקי הנגב פועל תפקודית בשלושה תחומים :

המוסד הכספי מופעל כמחלקה פיננסית.באמצעותו מתבצעת גביית התמורות עבור התוצרת החקלאית למשקי האירגון ותאגידיו ובאמצעותו ניתן אשראי להון חוזר המאפשר תפקודם הפיננסי של הקיבוצים הזקוקים לכך.

ארגון הקניות - באמצעות משקי דן -ארגון רכש משותף למשקי הנגב ומשקי הדרום,

מופקד על רכישת צרכי המשקים בשני תחומים עיקריים:

תשומות חקלאיות - רכישות כגון: מזון לבעלי חיים, דשנים, זרעים, חומרי הדברה, מים, דלק וכד'.

אחזקת אדם - רכישות הקשורות לפרט כגון: מזון, תרופות, תקשורת, קוסמטיקה, הגיינה וכד'.

ייצוג בכל הקשור לטיפול מרכזי וכולל בנושא: קרקע, מים והסדרים אזוריים שיש בהם עניין למגזר מול הרשויות השונות.

לאירגון קשרי מסחר עם מאות ספקים מהגדולים והמובילים בתחומים והוא שוקד על שיפר מתמיד של תנאי הסחר עבור חבריו והתאגידים הפועלים באמצעותו.